1916年3月,宋庆龄和孙中山自日本返回上海。自此以后将近10年中,孙中山继续领导革命,其间数度蛰居上海,着书立说,或开赴广州,主持政务,夫妇常在一起。宋庆龄与孙中山在一起工作,她“辉煌的头脑,充实了她丈夫的头脑,完全了他更伟大的人格。“
当他们回国后,孙中山南下广州任大元帅,领导第一次护法运动。由于受到军阀和政客的排挤,愤而辞去大元帅职务。这时孙中山困居上海,一筹莫展,极度苦闷,好似陷入绝望境地。宋庆龄对孙中山在生活上悉心照料,在精神上鼓励孙中山振作起来。
宋庆龄深知孙中山爱好读书,随时帮助他收集有价值的书和报刊杂志,协助孙中山查阅资料,着书立说。从1918—1919年间,孙中山闭门谢客,撰写文稿,决心改变现状。这期间的着作,都包含着宋庆龄的心血。她还帮助孙中山起草许多电函稿,作英文翻译,勤勤恳恳地尽到秘书的职责。她还加紧学习德文、俄文,为和苏联联系做准备。孙中山和宋庆龄对列宁十分钦佩。这期间,宋庆龄多次帮助孙中山与苏联联系。1918年,孙中山与列宁开始往来电函。1922年,列宁和孙中山之间第一次建立了直接联系。宋庆龄说:“在通信往来当中,这两位伟大的革命战士在争取人类自由和进步的斗争中携起了手来。“
历史事实证明,孙中山和宋庆龄结合在一起,的确“能够成就他们分居时所不能成就的事业“。
1920年11月25日,宋庆龄随同孙中山离开上海重返广州,恢复军政府工作。二人临时住在新亚酒店,后移至粤秀楼。1921年4月,孙中山在广州召开非常会议,决定成立中华民国正式政府,总统府设在越秀山南麓。1921年5月5日孙中山就任临时大总统。10月24日,孙中山抵达桂林,计划集师北伐,宋庆龄在后面积极配合孙中山的军事行动,发动妇女组织“出征军人慰劳会“。同时,宋庆龄动员各界人士,募集到巨额慰问经费,组织慰劳队到前线慰问出征的战士,随后由人护送到桂林。
在桂林,孙中山和宋庆龄会见了列宁派来的代表马林。正在北伐军顺利进军的时候,孙中山亲自培植起来的部属
陈炯明在后方密谋反叛。1922年5月18日其部将率重兵乘虚潜入广州,广州气氛非常紧张,粤秀楼近处驻满陈炯明部队。为扭转局势,宋庆龄与孙中山不得不迅速赶回广州,了解到陈部确有谋反迹象。6月12日,孙中山在广州举行记者招待会,希望陈炯明所部退回东江原防。然陈叛迹日着,数名要员、华侨被杀,事态十分严重。15日晚,陈炯明部队已经开始包围总统府。孙中山得知陈叛变的确切消息时,十分伤心,“悲愤得欲以身殉职“。
6月16日凌晨两点,孙中山得到秘密报告,陈炯明部队将攻击粤秀楼,情势危急。宋庆龄正在酣梦中,忽被孙中山叫醒,要她随他一块撤离险地。宋庆龄顾全大局,临危不惧,认为若同孙中山一同行动,易被判军发现。因此,坚持留下来掩护孙中山秘密撤离,并深情地看着孙中山说:“中国可以没有我,不可没有你!“卫士们都劝宋庆龄赶紧撤离,但阻挡不住她的决心。孙中山不得已才答应先行。但是令50名卫队全留守府中,自己只身逃出。孙中山两次避过叛军耳目,终于到达黄埔永丰舰上,按事先约定,鸣炮三响,以示安全抵达永丰舰。震撼夜空的三声炮响传到粤秀楼,宋庆龄和卫队人员才松了一口气。